Репрессии инквизиции приобрели в Испании исключительно массовый характер, превратившись в систематическое истребление целых народов, что не имело места в других странах Западной Европы. Сразу же после падения Гранады началось преследование мавров как мусульман; их обязывали креститься под угрозой вечного изгнания. Церковь использовала абсолютизм для насаждения правоверного католицизма, в то время как абсолютизм использовал инквизицию для утверждения своего господства. В 1526 г. появился закон, ущемлявший права даже мориеков—тех мавров, которые после падения Гранады приняли христианство, лишь бы не покидать солнечные долины Испании. Этот закон обязывал морисков обучать своих детей в христианских школах, запрещал им носить оружие, национальную одежду и даже говорить по: адабски. Тайно мориски, конечно продолжали соблюдать мусульманские обряды, и это было использовано инквизицией для массового уничтожения целого народа. Во славу католической ортодоксии мориски сжигались на кострах, пылавших при Филиппе II по всей Испании. Филипп прямо заявлял, что он готов сжечь сто тысяч еретиков и своего собственного сына, если того потребует католическое правоверие. Поэтому с 1565 г. в Испании появляется новая серия законов, усиливающих репрессии против морисков. Когда в 1568—1570 гг. они восстали, доведенные до отчаяния, то богатая Андалусия была превращена в пустыню, будучи отдана солдатам и всякого рода мародерам на поток и разграбление. Наконец, в 1609—1610 гг. последовало окончательное изгнание морисков из Испании, которые получили разрешение взять с собой лишь столько имущества, сколько можно было унести на собственных плечах. Однако и это имущество у них отняли в пути солдаты или обыкновенные грабители.
Испания стала более правоверной, но потеряла при этом не менее 500 000 своих подданных, трудолюбие и культура которых в свое время были залогом ее экономического процветания. Обезлюдение Испании прогрессировало; теряя свое население, она лишалась наиболее существенного элемента производительных сил. Одновременно интенсивные формы хозяйства вытеснялись экстенсивными, и стада овец начинали бродить также в тех областях южной Испании, где ранее были роскошные сады арабов. Шелковая промышленность южной Испании прекратила свое существование.