Последующее экономическое развитие Франции было задержано опустошительными гугенотскими войнами второй половины XVI вм которые представляли собой целую серию гражданских войн огромных масштабов. Они начались в 1562 г. после так называемого убийства в Васси, когда отряд герцога Гиза перебил значительное количество собравшихся на богослужение гугенотов(как назывались во Франции кальвинисты, протестанты) и продолжались с перерывами более 30 лет. Лишь вступление в Париж в 1594 г. Генриха IV, основавшего новую династию Бурбонов, его договор с Испанией в 1595 г. и, наконец, Нантский эдикт 1598 г. закончили эти многолетние войны. Последние велись с необычайным ожесточением. Особенной жестокостью отличалась королевская партия ортодоксального католицизма, тайно подготовившая знаменитую Варфоломеевскую ночь 24 августа 1572 г., когда в Париже и других городах Франции было перебито около 30 ООО безоружных гугенотов. Благочестивые круги католической церкви после этого звонили в колокола всей Европы и прославляли парижский погром, как богоугодное дело и достойное возмездие отступникам. Иезуиты неизменно играли значительную роль в событиях этой эпохи, даже монахи становились активными соучастниками политических убийств. Так, в 1589 г. доминиканский монах Жак Клеман заколол кинжалом французского короля Генриха III-—последнего представителя династии Валуа.
Формально при этом шла борьба ортодоксальных католиков с инаковерующими гугенотами, но фактически за ней скрывались более серьезные столкновения экономических и политических интересов различных классов и прослоек. В ходе борьбы необычайно ярко обнаружилась оппозиция режиму абсолютизма, представленная сначала гугенотами, а затем и католиками.
Социальный состав участников гугенотского движения был очень сложным, они выступали против абсолютизма под лозунгом средневековых вольностей дворянства и городов.,